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Existen muchos ámbitos económicos donde se requiere el uso de enzimas animales, vegetales o microbianas.

Las enzimas microbianas se emplean sobre todo en la obtención de jarabes de glucosa y fructosa, en detergentes y en textiles, y suelen ser enzimas que hidrolizan polímeros, como proteínas y polisacáridos.

La producción industrial de enzimas es un negocio que a comienzos del siglo XXI mueve en torno a 1.600 millones de dólares al año, de los cuales el 70% se debe a productos del género Bacillus. Veamos el desglose por grupos de enzimas y actividades comerciales (los datos de esta tabla son de finales de los años ochenta):

Tipo de enzimas   Actividad económica Millones $ / año Sacarasas e isomerasas Procesamiento del almidón, endulzantes y jarabes ricos en fructosa Fabricación de textiles 150 Proteinasas Detergentes Carnes, quesos Procesamiento de pescado Procesamiento de tejidos 400 Renninas (quimosinas) Coagulación de la leche para producción de quesos 60 Lipasas Detergentes Procesamiento de pieles Saborizantes Procesamiento de carne y queso 20 Celulasas Producción de zumos de frutas Producción de olivas Modificación de granos y fibras “Envejecimiento” de prendas vaqueras 20

Para usar un microorganismo que produzca enzimas de consumo humano, se deben de cumplir una serie de requisitos legales, que se centran en que tal microorganismo debe figurar en la llamada lista "GRAS" (generally aknowledged as secure), es decir, que haya demostrado una larga historia de seguridad. Existen unos 50 microorganismos GRAS aprobados para la industria alimentaria, de los cuales citamos los siguientes:

Bacillus, como p. ej. B. subtilis y B. licheniformis.
Saccharomyces cerevisiae (levadura de panadería).
Aspergillus niger y A. oryzae.
Lactobacillus y estreptococos lácticos.

Como se ve, la producción de enzimas por microbiología industrial era ya un negocio floreciente ante de la era del ADN recombinante, pero precisamente la I.G. se adapta perfectamente a los objetivos de mejora de esta biotecnología comercial, y empezó a usarse de modo casi inmediato en cuanto estuvieron a punto las técnicas.

En la industria alimentaria:

Quimosina recombinante (rennina) para la elaboración de quesos. Muy empleada en EE.UU y Gran Bretaña (90% de los quesos duros), sustityendo a la escasa quimosina de terneros y a la biotecnológica tradicional obtenida de hongos (Rhizomucor, Endothia parasitica). La quimosina recombinante se obtiene en Kluyveromyces lactis y Aspergillus niger manipulados.